Argumento de Evangelion :
La serie se inicia en el año 2015 de la era cristiana, quince años después del primer y desastroso contacto con unos misteriosos seres conocidos como ángeles, que resultó en un cataclismo a escala mundial llamado Segundo Impacto, que redujo a la mitad la población humana en la Tierra. Para prevenir futuros ataques de ángeles, la ONU estableció en Tokio-3 la organización NERV, la cual desarrolló una serie de gigantes biomecánicos llamados Evangelion —abreviado EVA— para combatirlos. Debido a que los Evangelion solo pueden ser pilotados por adolescentes, el dirigente de NERV, Gendō Ikari, se comunica con su distanciado hijo, Shinji, para que pilote la unidad 01 de los Evangelion, y acabe con el Tercer Ángel, que se halla atacando la ciudad.Aunque al principio Shinji se niega a cooperar, acaba accediendo al ver el acto aparentemente cruel de su padre de obligar a la malherida Rei Ayanami a pilotar el EVA.A bordo del Evangelion, Shinji es dejado inconsciente al poco tiempo de comenzar la batalla, pero súbitamente el EVA actúa por sí mismo y destruye al ángel.
Tras eso, Shinji se adapta a su nueva vida en Tokio-3, viviendo con la capitana Misato Katsuragi como su tutora. En la escuela de la ciudad conoce a los que serán sus mejores amigos, Toji Suzuhara, Kensuke Aida y Hikari Horaki, así como a la enigmática Rei Ayanami, piloto de la unidad 00. Poco después, ella y Shinji se encargan de derrotar a los siguientes ángeles, Shamshel y Ramiel, objetivos que consiguen con grandes dificultades.
Con el transcurrir de la serie, Misato lleva a Shinji, Toji y Kensuke a un convoy naval encargado de transportar la unidad Evangelion 02, pilotada por Soryu Asuka Langley. En un inesperado combate, el ángel Gaghiel ataca a la flota, pero es destruido por Shinji y Asuka a bordo de la unidad 02. Al mismo tiempo, se revela que la auténtica carga del convoy es el embrión del ángel Adán, transportado por un viejo amigo de Misato llamado Ryoji Kaji. Poco después, Asuka se muda a casa de Misato, encontrando dificultades en la convivencia entre ella y Shinji; no obstante, ambos superan sus diferencias para derrotar juntos al ángel Israfel. Posteriormente Shinji, Asuka y Rei hacen frente y derrotan a los ángeles Sandalphon Matarael,Sahaquiel Iruel, Leliel, con grandes peligros en cada uno de ellos que llevan al límite la resistencia psicológica de los pilotos. Más tarde, la unidad 03 es enviada a Tokio-3, siendo Tōji Suzuhara el encargado de pilotarla, pero el Evangelion es poseído por el ángel Bardiel y Shinji se ve obligado a enfrentarse a él. Ante la negativa de Shinji de luchar, Gendō Ikari activa un método de teledirección de Evangelion llamado dummy plug y destroza a su oponente, casi matando a Toji en el proceso.Luego de la batalla Shinji decide dejar definitivamente NERV,pero el ángel Zeruel llega y derrota a Asuka y Rei, lo que ocasiona que Shinji vuelva, después de hablar con Kaji, para pilotar la unidad 01 y atacar al ángel. En el transcurso del combate, el EVA agota su energía y entra en modo berserker, despedazando y devorando al ángel, y provocando que Shinji quede reducido a LCL; pero poco más tarde el joven Ikari interactúa con el espíritu de su madre, dentro del Evangelion, y renace del líquido.
Después de que Kaji sea asesinado tras rescatar al vicecomandante de NERV, Kōzō Fuyutsuki, de las manos de SEELE, aparece el ángel Arael, el cual ataca la mente de Asuka y le provoca una fuerte depresión clínica que le impide seguir pilotando. A su vez, Rei muere destruyendo al ángel Armisael, pero es sustituida por un clon.Posteriormente, un joven misterioso llamado Kaworu Nagisa llega para pilotar la unidad Evangelion 02 en reemplazo de Asuka.Shinji forja una fuerte relación con él, pero Kaworu resulta ser Tabris, el último ángel en ser esperado, y Shinji se ve obligado a matarlo para impedir que provoque el Tercer Impacto.
